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尿嘧啶、水合尿嘧啶的结构和振动性质研究

王志萍 张丰收 周宏余 曾祥华 顾斌 张伟 程伟

王志萍, 张丰收, 周宏余, 曾祥华, 顾斌, 张伟, 程伟. 尿嘧啶、水合尿嘧啶的结构和振动性质研究[J]. 原子核物理评论, 2005, 22(4): 438-443. doi: 10.11804/NuclPhysRev.22.04.438
引用本文: 王志萍, 张丰收, 周宏余, 曾祥华, 顾斌, 张伟, 程伟. 尿嘧啶、水合尿嘧啶的结构和振动性质研究[J]. 原子核物理评论, 2005, 22(4): 438-443. doi: 10.11804/NuclPhysRev.22.04.438
WANG Zhi-ping, ZHANG Feng-shou, ZHOU Hong-yu, ZENG Xiang-hua, GU Bin, ZHANG Wei, CHENG Wei. Structural and Vibrational Properties of Uracil and Hydrated Uracil[J]. Nuclear Physics Review, 2005, 22(4): 438-443. doi: 10.11804/NuclPhysRev.22.04.438
Citation: WANG Zhi-ping, ZHANG Feng-shou, ZHOU Hong-yu, ZENG Xiang-hua, GU Bin, ZHANG Wei, CHENG Wei. Structural and Vibrational Properties of Uracil and Hydrated Uracil[J]. Nuclear Physics Review, 2005, 22(4): 438-443. doi: 10.11804/NuclPhysRev.22.04.438

尿嘧啶、水合尿嘧啶的结构和振动性质研究

doi: 10.11804/NuclPhysRev.22.04.438

Structural and Vibrational Properties of Uracil and Hydrated Uracil

  • 摘要: 基于从头计算方法和半经验势分子动力学,通过计算尿嘧啶分子及其水合尿嘧啶分子运动轨迹的速度自关联函数的傅立叶变换,给出了这些分子的振动频率。通过求解Hessian矩阵,鉴别出这些分子每一个振动频率的振动模式。对孤立的尿嘧啶分子,计算结果能够和实验数据符合。对水合尿嘧啶分子中,尿嘧啶分子的结构和振动频率的改变做了讨论。Based on an ab initio calculation and a semiempirical method, the structural and vibrational frequencies of Uracil and hydrated Uracil are studied by using the Fourier transform of velocity autocorrelation function of trajectories of molecular dynamics simulations. The finite difference harmonic method is also used to assign the vibrational frequency of each mode. It is found the calculation frequencies are in good agreement with the experiment data. The structural and vibrational frequencies of Uracil in hydrated form is discussed.
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出版历程
  • 收稿日期:  1900-01-01
  • 修回日期:  1900-01-01
  • 刊出日期:  2005-12-20

尿嘧啶、水合尿嘧啶的结构和振动性质研究

doi: 10.11804/NuclPhysRev.22.04.438

摘要: 基于从头计算方法和半经验势分子动力学,通过计算尿嘧啶分子及其水合尿嘧啶分子运动轨迹的速度自关联函数的傅立叶变换,给出了这些分子的振动频率。通过求解Hessian矩阵,鉴别出这些分子每一个振动频率的振动模式。对孤立的尿嘧啶分子,计算结果能够和实验数据符合。对水合尿嘧啶分子中,尿嘧啶分子的结构和振动频率的改变做了讨论。Based on an ab initio calculation and a semiempirical method, the structural and vibrational frequencies of Uracil and hydrated Uracil are studied by using the Fourier transform of velocity autocorrelation function of trajectories of molecular dynamics simulations. The finite difference harmonic method is also used to assign the vibrational frequency of each mode. It is found the calculation frequencies are in good agreement with the experiment data. The structural and vibrational frequencies of Uracil in hydrated form is discussed.

English Abstract

王志萍, 张丰收, 周宏余, 曾祥华, 顾斌, 张伟, 程伟. 尿嘧啶、水合尿嘧啶的结构和振动性质研究[J]. 原子核物理评论, 2005, 22(4): 438-443. doi: 10.11804/NuclPhysRev.22.04.438
引用本文: 王志萍, 张丰收, 周宏余, 曾祥华, 顾斌, 张伟, 程伟. 尿嘧啶、水合尿嘧啶的结构和振动性质研究[J]. 原子核物理评论, 2005, 22(4): 438-443. doi: 10.11804/NuclPhysRev.22.04.438
WANG Zhi-ping, ZHANG Feng-shou, ZHOU Hong-yu, ZENG Xiang-hua, GU Bin, ZHANG Wei, CHENG Wei. Structural and Vibrational Properties of Uracil and Hydrated Uracil[J]. Nuclear Physics Review, 2005, 22(4): 438-443. doi: 10.11804/NuclPhysRev.22.04.438
Citation: WANG Zhi-ping, ZHANG Feng-shou, ZHOU Hong-yu, ZENG Xiang-hua, GU Bin, ZHANG Wei, CHENG Wei. Structural and Vibrational Properties of Uracil and Hydrated Uracil[J]. Nuclear Physics Review, 2005, 22(4): 438-443. doi: 10.11804/NuclPhysRev.22.04.438

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